C'est l'une des critiques les plus fréquentes adressées à la naturopathie : elle ne serait pas scientifique. Pourtant, cette affirmation mérite d'être sérieusement nuancée. Car si "la naturopathie" comme discipline globale ne peut pas être validée par une seule étude — elle est trop vaste et trop hétérogène pour cela —, les outils qu'elle utilise, eux, font l'objet d'une littérature scientifique abondante.